La règlementation nationale vient en effet transposer ou préciser la règlementation européenne, lorsque cela est nécessaire, en ce qui concerne le rôle et les responsabilités des acteurs du secteur ferroviaire. Elle vient également prescrire des règles nationales de sécurité au sens de la directive (UE) 2016/798 ou des règles techniques nationales au sens de la directive (UE) 2016/797. Ces règles ont vocation à disparaître progressivement, sur le long terme, au rythme de l’harmonisation au niveau européen des règles techniques et de sécurité, lesquelles sont prescrites par des règlements et des décisions appelés les « spécifications techniques d’interopérabilité » ou « STI », au fur et à mesure de l’harmonisation technique des système ferroviaires nationaux.
 
Cette absence d’harmonisation justifie que, conformément aux articles 14 et suivants du décret n° 2019-525 du 27 mai 2019 relatif à la sécurité et à l’interopérabilité du système ferroviaire, le gestionnaire d’infrastructure chargé de la gestion opérationnelle des circulations ait été chargé de publier de la documentation d’exploitation ou des règles d’exploitation particulières, contraignantes juridiquement. L’EPSF peut cependant exiger la modification ou le retrait de ces textes, s’ils ne permettent pas de maintenir le niveau de sécurité des circulations ferroviaires ou s’ils font obstacle au respect des impératifs d’interopérabilité.